不動産を売買した当事者が、売買契約書をとりかわざない、ということは、実際問題としてはほとんど考えられないのですが、契約書はあってもそれを原因証書として申請書に添付しないのがふつうなのです。
そのおそらくもっとも大きな理由は、その売買契約書が所有権移転登記の原因証書として必要な要件をみたしていない、ということが多いからではないか、と思われます。
原因証書は、特定の不動産について、売主たるＡが、買主たるＢに対して、所有権移転登記に協力する義務が発生していることが、明確になっていなければなりません。